Además de exhibir las riquezas naturales del país y objetos de interés histórico es un centro de investigación científica en las áreas de historia natural, antropología e historia de Costa Rica.
Aquí fue donde el naturalista alemán, Alexander Von Frantzius construyó su casa en 1870 y que en 1876 compró el reconocido educador costarricense don Mauro Fernández.
El museo se fundó en 1887 y ha estado en cuatro sedes diferentes, de las cuales tres ya fueron demolidas. Actualmente se ubica en el antiguo Cuartel Bellavista donde las fuerzas militares que apoyaban a los gobernantes de turno se concentraban y justo allí, al finalizar la guerra civil el 1 de diciembre de 1948, fue donde José Figueres Ferrer dió el simbólico martillazo contra uno de los muros del cuartel aboliendo el ejercito como institución en Costa Rica.
Hoy en día puede ver como pasó de ¨Cuartel a Museo¨ y apreciar las paredes con graffitis que cuentan los sentimientos de soldados y presos políticos que permanecieron en las celdas.
Al recorrer el museo podrá conocer sobre el valor espiritual del Oro Indígena, el estilo de vida de las culturas antiguas desde los 10 mil años A. C. hasta la llegada de los españoles (1500 años D. C.), la Época Colonial, los cambios causados por la Independencia, en fin, una síntesis del desarrollo de Costa Rica.
Además el Departamento de Historia Natural administra las colecciones de Historia Natural más antiguas y completas del país. Al menos el 15% de los ejemplares que integran sus colecciones son de finales del Siglo XIX y principios del XX.
